El IEA Litoral es un instituto de estudios avanzados university-based, por ello la conducción académica del IEA corresponde funcionalmente a la UNL.
El gobierno del IEA Litoral estará constituido por un/a Director/a Científico, un Secretario/a general, un Consejo de Dirección y dos consejos: científico y social.

El Consejo Económico y Social está integrado por un representante por las instituciones públicas fundadoras del IEA Litoral y por instituciones sociales de la ciudad y la región, así como por actores de la economía local y regional.

Entre sus funciones está intervenir en el proceso de fijación de los temas prioritarios anuales del IEA Litoral; participar activamente de las manifestaciones de la vida científica e institucional del IEA Litoral; participar de la Asociación de Amigos del IEA Litoral; asesorar al Director Científico respecto de la orientación social y económica del IEA Litoral.

En tanto, el Consejo Científico estará integrado por siete académicos e intelectuales de reconocida trayectoria, independientes de las instituciones fundadoras. Para su selección se privilegiará la experiencia en el campo de los Institutos de estudios avanzados.